El sistema del campeonato divide a los equipos participantes en dos zonas, en la cual Colombia hace parte de la Zona Norte junto a Perú Ecuador, Venezuela. Por su parte, Bolivia, Uruguay, Paraguay y Chile integran la Zona SurAtlético Nacional iniciará en condición de visitante frente al conjunto peruano Inti Gas. Por su parte, Juan Aurich, FBC Melgar y Trujillanos, serán los rivales de Itagüí, Deportivo Pasto y Equidad respectivamente.
De igual forma se sortearon las llaves de la segunda fase donde los dieciséis ganadores de la primera fase se encontrarán con los equipos clasificados por Argentina, Brasil y el actual campeón del torneo: San Pablo (Brasil).
En esta segunda fase, si Atlético Nacional consiguiera una victoria frente al conjunto peruano, su próximo rival se definiría entre el ganador de Guaraní y Oriente Petrolero.
Atlético Nacional ganó el derecho de participar en este torneo internacional al conseguir en el año 2012, el titulo de la Copa Postobón donde en la final venció al Deportivo Pasto.
El ganador de la Copa Sudamericana no sólo recibe una importante cantidad de premios a nivel económicos si no el derecho de competir en otros torneos internacionales como Copa Libertadores 2014, Copa Surunga Bank, Recopa Sudamericana y Copa Sudamericana 2014
Nota: Terra
